塔德拉特（Tadrart Acacus）地区的当今社区是凯尔·塔德拉特（Kel Tadrart）田园小组，已积极从事现场的发掘活动（现场援助 ，筛分等） ，以及与其保护工作有关的决策过程和决策过程和行动。其他当地社区成员为任务帐篷营地的后勤管理做出了贡献，扮演着各种专业的劳动力。
尽管这些社区与该领土保持了数百年的联系 ，但它们并未与在那里发现的史前葬礼表达特定的文化或历史亲和力 。这种情绪扩展到了更广泛的考古背景和当地的摇滚艺术 ，被视为古老的，伊斯兰前时代的表达 ，为此 ，没有任何直接的文化联系被认可或声称 。
尽管缺乏直接联系，但与利比亚的古物部（DOA）进行了彻底讨论 ，道德考虑以及分析和处理人类遗体的含义 ，并从M.F.M.A.-F.和M.T.，都隶属于同一机构。发掘结束后 ，在随后的几年中 ，结果在Ghat的当地省办公室举行的会议中分享 。不幸的是，在挖掘活动结束后不久，2011年的利比亚革命发作 ，进一步打乱了 。但是 ，在过去的一年中，与本手稿的准备 ，与这些合着者和其他DOA代表的在线会议恢复了 ，并就这些问题促进了重新对话。这些包容性的方法确保了科学研究和保护实践与当地价值观和道德标准保持一致，从而促进了遗产管理和科学合作的协作框架 。
塔卡科里（Takarkori）岩石庇护所（Takarkori Rock Healter）数于15个埋葬 ，在阶段和保护状态下 ，主要是从早期和中期的田园时期，跨越了第八千年和第七千年加州 。16,22。这些葬礼紧接在岩壁附近 ，有稀缺的坟墓 ，似乎仅由妇女和儿童组成13,22,61（补充说明1） 。骨学信息是在其他地方报告和讨论的22，尽管简短地 ，对亚成年人的年龄估计是基于骨骼发育的方法论62,63和牙齿成熟和牙齿爆发64先前开发了 。对于成年人 ，确定性别是基于对颅骨和骨盆的形态特征的观察，如先前合成的65，而死亡年龄的估计基于先前提出的耻骨联合的修饰66 ，颅骨缝合线的修饰 ，颅骨缝合线闭合67，以及可造成的齿轮良好的环境 ，这是可能的造成齿轮的模式。补充图1.4中描绘了开挖区域的详细布局以及地层和年代见解 。标准地层技术用于发掘骨骼残留物 ，严格遵守预防措施以对生物材料进行采样 。与遗体相关的沉积物使用2 mM网格进行了筛分，并收集了基于实验室研究的样品。人类遗体的发掘和处理已与利比亚的黎波里（以前是社会主义人民的利比亚阿拉伯Jamahiriya）的古物部（DOA）进行了广泛的讨论 ，尤其是关于道德问题。根据参考编号 ，批准了考古发掘的批准（翻译为H98-10000 TATM 49463） 。目前，人类遗体在罗马大学拉萨皮安扎大学人类学博物馆进行了策划 。
这项研究的牙齿根源来自单个TKH001和单个TKH009的腓骨片段 ，分别标记为TK H1和TK H9。如前所述 ，在佛罗伦萨大学分子人类学系的专门古代DNA设施中进行了采样和DNA提取程序，如前所述13 。根据先前描述的方案提取DNA69 。从提取的DNA中 ，在同一佛罗伦萨设施中制备了双链DNA文库 ，而无需进行尿嘧啶-DNA-糖基化酶（UDG）处理。在马克斯·普朗克（Max Planck）地球人类学研究所（以前是Max Planck人类历史科学研究所，MPI-SHH）和/或Max Planck进化性人类学研究所（MPI-EVA），在Max Planck Geoantopologology（以前是Max Planck人类科学研究所）和/或Max Planck Evolutionary Institute（MPI-EVA）上准备了一个额外的单链DNA文库 ，可以更好地捕获短片段 。准备好的DNA库在MPI-EVA的Illumina Hiseq 4000系统上使用75 bp的单端和/或50 bp配对的配置进行了shot弹枪测序 ，达到3-50万个读取深度，以进行初始质量评估（补充表2.1） 。TKH001和TKH009库都使用Twist Ancient DNA25和1240K26面板进行了超过100万个SNP的捕获 ，并配备了其他专门的“古代裔”面板 ，该面板适用于TKH001的单链图书馆。丰富之后，所有图书馆均在MPI-Eva的Illumina Hiseq 4000系统上进行了2000万次读取 。使用apterremoval70 v.2.3.0去除读取适配器 ，作为急切的一部分（V.1.92.56）71 ，并使用BWA Aligner72 v.7.12的25映射质量过滤器与人类参考基因组（HG19）对齐 。使用DEDUP（v.0.12.2）消除了重复的读数，可以在GitHub（https://github.com/apeltzer/dedup）上找到。用Authentict73 v.1.0和Hapcon_roh评估了TKH001的单链库的污染 （https://haproh.readthedocs.io/en/latest/haproh_with_contamination.html） ，schmutzi74用于MTDNA受到tkh009的双链库（补充表2.3） 。用损坏Profiler75 v.1.1评估损伤模式 。
使用Samtools v.1.3和SequenceTools V.1.4.0.2（HTTPS://githubub.com.com.com/stschiff/specetools） ，使用Samtools v.1.3和PiiupCaller进行了基因分型的TKH009的双链1240K捕获序列和TKH001的单链扭曲序列。TKH001在1240k面板上总共有881,765个SNP，TKH009库显示22,484个SNP的覆盖率较低。我们合并了来自TKH009和TKH001的基因型数据 。然后 ，我们在整个手稿中进行了所有分析（包括PCA ，F3和F4统计，QPADM，Admixture图 ，日期和混合物） ，除了AdmixFrog和Haproh外，作为单个分析 ，仅使用TKH001中的较高覆盖的数据 。为了防止潜在的伪影影响结果 ，生成了TKH001样品的基因分型数据的其他版本。其中包括仅来自单链库的数据，数据仅限于横向 ，并使用PMDTools（V.0.6）76（补充表2.4）进行过滤数据 。
使用启用LSQMODE的SmartPCA77 v.16000 v.8.0 v.8.0启用了PCAS ，对来自非洲，中东和南欧的当今个人进行了PCA ，对人类起源SNP SNP SNP 28,29,30,31,31,31,31,332,33,33,334,34,34,35,35,35,36,36,36,36,37,37,37 sillite Complite consect区域2,8,9,35,36,39,40,41,42,43,44 。所有F3和F4统计数据均使用AmbixTools30 v.5.1进行计算 ，使用QP3POP v.435用于F3统计信息，而F4统计信息QPDSTAT v.755。对于F3外群测试 ，使用了拓扑F3（外部组； X ，Takarkori） 。当群体被设置为南非2000 CAL时 。，QP3POP启用了“近交”选项。另一方面，当外部群体是黑猩猩时 ，qp3pop中激活了“外群 ”选项 。这种特殊的配置用于设置0.01的常数分母 ，因为当qp3pop中的内求杂合性归一化在单倍体是单倍体时（如黑猩猩而言）时无法正常工作 。此外，我们使用了包含13个独特的SNP集的Affymetrix人类起源1阵列来研究Takarkori和Taforalt种群中潜在的撒哈拉族血统。我们对MBUTI和Yoruba确定的SNP进行了单独的F4统计数据（补充图2.21和2.22） 。
Taforalt组使用QPADM78 v.810在AmdixTools软件包v.5.1 v.5.1中建模为Natufian人口（左来源）和可变非洲群体（右源）之间的双向混合 。对于每次跑步 ，都安排了一个一致的外群 ，包括Onge，Han ，Papuan ，Ust’-Aishim，Kostenki14 ，Ma-1和Iran_n。每个非洲群体（约鲁巴人 ，丁卡，莫塔 ，喀麦隆·舒姆·拉卡 ，博茨瓦纳Xaro EIA和坦桑尼亚桑给巴尔1,300 cal。）被检查为单个跑步中潜在的正确源人群，而从外来组中省略了（补充表2.6） 。这种方法使塔福尔特组的各种混合场景探索了 。
尼安德特人的血统是使用AdmixFrog48 V.0.7.1在单链的Takarkori上推断出来的，并用古老的Admixture SNP面板捕获的Taforalt库27。该分析包括高质量的古代shot弹枪测序数据以及当今的艾伦古代基因组多样性项目的亚撒哈拉族基因组/约翰·邓普顿（John Templeton）古老的DNA Atlas（https://reich.hms.harvard.edu/comsient-genome-genome-diversity-prodives-prodive）和人类基因组的多样性project32 。将基因组取为古老混合SNP面板中的位置 ，并带有用于映射质量和碱基对长度的过滤器 。排除了SNP覆盖范围或污染不足的库（补充表2.8）。将高覆盖的基因组取代到塔卡科里基因组覆盖的位置 ，以进行直接比较 。参考面板包括三个高覆盖的尼安德特人79,80,81，一个高覆盖范围的Denisovan33和黑猩猩基因组（Pantro4）作为祖先等位基因 ，以及非洲国家的撒哈拉以南非洲1000基因组序列82 。
线粒体基因组的野兽分析涉及216 mtDNA序列 ，使用mafft83 v.7.508对齐，并通过去除特定的聚-C区域进行调整。Hohlenstein – Stadel Neanderthal84是外部 ，使用专门的管道（Mitobench-Arcientmt）处理GenBank中未在GenBank中的mtDNA序列85 。使用SNPAD86 V.0.3.9确定序列共识 ，并由Haplogrep287 v.2.1.19分配的单倍群 。Beast88 v.2.6.7使用了这些比对，并在补充表2.9中纳入了放射性日期作为先验。使用Bmodeltest89 v.1.2.1评估模型适用性 ，确定TIM（21）+I+G模型 ，严格的时钟速率和“融合贝叶斯天际线 ”树的组合是最佳的 。进行了八次独立的分析，并使用logcombiner和teeannotator结合了结果 。
使用admixTools 2的“ Find_graphs（）功能 ，研究了Takarkori人群与其他人的祖先关系 ，该功能找到了与观察到的F统计数据对齐的混合图图。三轮卫星被视为一个外部群体，我们包括来自关键相关遗传簇的代表：“摩洛哥_Biberomaurusian”，“ ethiopia_4500bp.sg ” ，“ israel_natufian_perpared ”和“ iran_ganj_ganj_dareh_dareh_neolithic’。鉴于“ Find_graphs（）”输出的潜在变异性 ，使用每次运行的唯一随机图执行了20次迭代 。z得分为<| 3 |的图形选择（补充图2.23–2.25） 。此外，在Amdixfrog结果的先前知识的指导下 ，Takarkori和Taforalt组被视为混合种群。
将日期方法49 v.753应用于Takarkori组 ，以检测黎凡特混合物 。使用了0.001的垃圾箱尺寸，摩根单元的拟合范围为0.0045至1 。基于SNP对之间的连锁不平衡的衰减估算了混合日期 ，黎凡特的混合物使用撒哈拉以下人群（Yoruba ，Mbuti，Mbuti ，Dinka ，Dinka，来自埃塞俄比亚和坦桑尼亚的古代群体）和欧亚人口（Natufian ，PPNB ，PPNB，ganj dare.3）（22）（22）。
使用HAPROH90 v.3.0估算了TKH001的有效人口规模（NE） 。使用HAPROH推荐的默认设置推断出超过4 cm的ROH段，使用1000个基因组参考面板进行比较（补充图2.27） 。该方法分析了纯合性的运行 ，以估计个体的种群规模和遗传背景（补充图2.28）。
Admixture91 V.1.3.0用于全球人群的无监督遗传聚类 。现代和古老的群体是从基于HO的数据集中的子集 ，转换为PLINK格式，并转换为伪haploid格式 ，以减少人工漂移 。使用PLINK92 V.1.9进行连锁不平衡修剪 ，窗口尺寸为200个SNP，步骤25 SNP和R2阈值为0.4。运行每个K（2-9）的五个重复 ，以最高的对数可能性选择重复 。
Data visualization was performed in RStudio v.2022.12.0 + 353. The following R packages were used cowplot (v.1.1.2), ggplot (v.3.4.2), ggh4x (v.0.2.3), ggnewscale (v.0.4.8), janno (v.1.0.0), magrittr (v.2.0.3), maps（v.3.4.1） ，拼布（v.1.1.2），purrr（v.1.0.1） ，rcolorbrewer（v.1.1.3） ，readxl（v.1.1.4.1），tidyr（v.1.1.3.0）和tidyverse（v.1.1.3.2） 。
有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然投资组合报告摘要中获得。
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本文概览： 塔德拉特（Tadrart Acacus）地区的当今社区是凯尔·塔德拉特（Kel Tadrart）田园小组，已积极从事现场的发掘活动（现场援助，筛分等），以及与其保护工作有关...
文章不错《绿色撒哈拉沙漠的古代DNA揭示了北非祖先的血统》内容很有帮助