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在现代的TRNA(图1A)中 ,给出肽的氨基酸通过不稳定的酯组连接到CCA 3'末端32。然而,某些TRNA包含以氨基酸改性核苷的形式的其他氨基酸,例如G6A(参考文献33) ,T6A(参考文献34)和M6T6A(参考文献35),它们直接在位置37处的反登基循环旁边发现,其他非canonical versige versige versige cortige cortige corlesives contige 34 。36,37,38)。
对其化学结构的仔细检查(图1B)的仔细检查表明,如果它们处于近距离状态(步骤1) ,则基于RNA的肽合成可能能够启动(步骤2),这将通过发夹型中间体,由尿素连接到核型酶(M6)AAA6A的尿素链接(由尿素连接)所附带的肽创建。尿素39,40的裂解(步骤3)将用连接到(M)NM5U的肽(步骤4)提供RNA 。随后 ,具有新的(M6)AA6A链的链位移最终可能会实现下一个肽伸长步骤。
为了研究RNA - 肽世界的潜在演变,我们合成了两组RNA链1A -1J和2A -2C的互补集(图2)。第一组在5'端(1a -1j)作为RNA供体链中包含各种M6AA6A核苷酸41。用(M)NM5U核苷酸在3'末端(2A -2C)中制备互补的RNA受体链 。图2a显示了1a和2a之间的反应。分析数据如图2B所示。我们使用2A杂交1a,并使用诸如EDC42/Sulfo-NHS43 ,DMTMM·Cl43或甲基异构体44(pH 6,25°C)等试剂(如EDC42/Sulfo-NHS43,DMTMM·Cl43或甲基)激活1A的羧酸 。在所有情况下 ,我们都会观察到高屈服的产物形成(图2C)。
动力学分析表明,氨基酸的性质会影响耦合率(图2D)。例如,g(在1a)夫妇到2c ,明显速率常数(KAPP)为0.1 H -1 。对于氨基酸L(1D),确定了t(1e)和M(1H)的速率常数高四倍(≈0.4h -1),并用kapp> 1 h -1测量F(1G)的最高速率。这些差异在偶联反应中具有明显的氨基酸选择性,这可能是由于不同的预组织的结果。接下来 ,我们将RNA供体链的长度降低到五个,最后将RNA供体链的长度降低到三个核苷酸(补充信息) 。即使与三聚体RNA供体链,我们也检测到耦合 ,尽管它需要双链体现高盐和低温条件(1 NaCl和0°C)。供体上三个核苷酸与受体上相应三胞胎的相互作用似乎是生产耦合的下限。有趣的是,这是当代翻译中的密码子 - 抗病互动的大小11,18 。
接下来,我们研究了在最近描述的益元中普罗可见的硫醇激活条件下45(dtt ,pH 8,25°C)下,在最近描述的二硫代硫代硫醇激活条件下 ,在1A(M6GCN6A,1J)的硝酸衍生物与不同受体2a -2c的偶联偶联。此外,在几个小时内获得了耦合产品(图2C)。例如 ,NM5U 2B与1A的组合分别使用EDC/Sulfo-NHS或DMTMM·Cl的耦合产率分别为64%和66%。1A和2A的耦合,具有次要胺,为16%和33%的收益率提供3A 。硫醇激活偶联后,1J的硝酸菌的产量高达65%。
接下来 ,我们测量了发夹型中间体的稳定性。对于发夹3A(图2A),确定了约87°C的熔化温度(TM),与起始双链体(约1A·2a的大约30°C)相比 ,这证明了肽形成反应反应反应的热结构 。在地球早期条件下,这可能是湿dry循环期间的优势。
发现的概念还使较长肽的合成。当我们使用3'-VMNM5U-RNA-5'2C作为受体时,我们观察到与1A-1J ,肽键形成的反应,产量高达77%(图2C,D和图3A) 。
接下来 ,我们研究了尿素连接的裂解,发现在pH 6的水中温度升高(90°C)时,这种反应是可能的(图2a ,b)。6小时后,已经形成了含M6a的RNA 4和RNA 5A的产物,产量为15%。
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本文概览: 在现代的TRNA(图1A)中,给出肽的氨基酸通过不稳定的酯组连接到CCA 3'末端32。然而,某些TRNA包含以氨基酸改性核苷的形式的其他氨基酸,例如G6A(参考文献33)...
文章不错《RNA与肽世界的益元中合理的情况》内容很有帮助