本文来自作者[admin]投稿,不代表永利号立场,如若转载,请注明出处:http://www.siyonli.com/wiki/202506-1739.html
GCGR基因通过通用生物学系统合成,并插入pcDNA3.1-N-FLAG-HIS载体。补充表2中显示了不同物种的GCGR序列 。使用Quikchange诱变协议(Agilent Technologies),通过定分诱变产生GCGR突变体。用0.2μg的每个感兴趣的质粒转染一千万个细胞。
HEK293 ,AML12和HEK293T细胞来自全国认证的细胞培养物(中国科学院) 。HEK293和HEK293T细胞在Dulbecco的修饰的Eagle培养基(DMEM,GIBCO)中培养,该培养基(DMEM ,GIBCO)补充了10%的胎牛血清和100 IU ML -1 Penicillin和100μgml -1 Penicillin和100μgml -1链霉素,并在37°C下在37°C下在休湿的5%Co2 co2 incubator中孵育。将AML12细胞培养在完整的培养基(CM-0602,Procell Life Science&Technology)中 ,并在37°C下孵育,在加湿的5%CO2孵化器中。LMH细胞(鸡肝癌上皮)获自在Dulbecco改良的EAGLE培养基(DMEM/F-12,GIBCO)中培养的美国型培养物(ATCC ,CRL-2117),并补充了10%胎牛血清和100 IU ml-1 c霉素和100μgml-ML-ML-ML-ML-1 stroptycin Incincin加湿的5%CO2孵化器 。
H89,YM254890和AdomeGlivant购自Medchemexpress(MCE)。GCG ,GLP1,GLP2,GCGL,GIP和DES-HIS1PRO4-葡聚糖酰胺通过GL Biochem合成。所有肽均为95% 。肽序列在补充表13中组织。
C57BL/6 J(野生型和DIO)和DB/DB(瘦素受体基因LEPR中具有突变的糖尿病模型)购自Gempharmatech。在常规条件下 ,在过滤器顶部受保护的笼子中安置小鼠,并根据西中国医院的实验动物实验室中心进行护理 。随意提供食物和水。在线购买特定的无病原体(SPF)鸡(http://www.bosgene.com.cn)。L. Striata,Melopsittacus起伏 ,Chrysemys Picta Picta,Rana Catesbiana Shaw,Rana Nigromaculata和D. Rerio在线购买(https://www.taobao.com/)。Xenopus tropicalis是在线购买(http://www.xenopus.cn/) 。在南吉·新吉亚医学技术(Nanjing Xinjia Medical Technolognion)建造和抬高了GGGCGR转基因斑马鱼线。该研究中涉及的所有动物均在补充表3上列出。
所有小鼠均保持在12/12 h的白天/夜间周期 ,平均环境温度为22°C,平均湿度为每个笼子5只动物,并随意提供食物和水 。一到两岁的Budgerigars(M. undulatus)(绿色基颜色 ,黄色绿色的身体羽毛,黑色或深棕色的条纹在头部,颈部和背部 ,中等大小),白色隆起的Munia(L. striata)(黑色脸,棕色的脸,棕色后背和翅膀 ,白色的肚皮,白色的腹部和腰围,中等大小)在常规的12/12 H Night Birds上保持五个/夜晚的夜晚 ,(160 cm×50 cm×40 cm,长度×高度×宽度)。维瓦里群岛的环境温度保持在21至23°C之间,平均湿度保持48%。笼子由白色金属棒制成 ,每个金属棒都有一个长悬浮的鲈鱼,放置在鲈鱼下方的饲养者以提供水和食物(随意) 。在16/8小时/夜间周期,平均环境温度为23°C和平均湿度为60%的鸡肉鸡舍中 ,在鸡舍中保持自由放养。该鸡舍有一个16/8的轻/暗周期,安装了排气风扇,以保持鸡舍内的适当空气循环。水分配器连续提供水 ,并在预定时间每天两次用食物补充饲料托盘 。每天定期清洁和消毒地板。雏鸡温度管理:对于1周以下的小鸡,温度保持在34-36°C。随后,温度每周降低2°C,直到达到22–24°C左右 。胡须的龙(P. vitticeps)和豹纹壁虎(E. Macularius)保持在宽敞的外壳中 ,尺寸为200 cm×60 cm×60 cm(长度×高度×宽度)。外壳衬有沙子,其中一些石头和浮木放在里面。该机柜配备了温度计和加热灯,以维持28至32°C的温度范围 10/14光/黑暗周期。喂食每天两次 。初级饮食包括昆虫 ,例如蝗虫和Blaptica dubia,偶尔还有一些蔬菜和水果,包括生菜叶。定期更改床上用品以保持外壳内的干燥和通风。在14/10轻/暗周期的通风循环罐中 ,将斑马鱼保持在28±0.5°C 。斑马鱼幼虫每天两次喂食黑甲。3-4周后,磷虾每天两次喂食。
Macaca Mulatta肝脏和血液样本是从移植工程和免疫学的主要实验室(中国四川大学西中国医院)获得的 。四川大学的天然博物馆提供了来自Phylloscopus Magnirostris,Muscicapa Ferruginea ,Parus Monticolus,Passer fimderus和Carpodacus Vinaceus的血液和肝样品。新鲜的哺乳动物组织样品(Capra Hircus,Sus Scrofa和Bos Taurus)购自Nanjing Zhushun Biotechnology。Crocododlus Siamensis样品购自Lvyuan鳄鱼育种 。
GCGR的编码区域序列由Translatorx对准 ,这是一个带有默认参数的Perl程序。基于多个比对序列,FastTree V2.1进行了无根的系统发育树。
根据制造商的指示,分别使用CAMP HTRF KIT和IP1 HTRF KIT(CISBIO Bioassays -Perkinelmer)测量了HEK293细胞中的CAMP和IP1积累 。简而言之,将转染的HEK293细胞播种在96孔板中 ,转染后36小时,密码标记的抗训练室或抗IP1单克隆抗体,并将裂解缓冲液中的D2标记的CAMP或IP1添加到孔中。在室温下孵育1小时后 ,将板在设想的多标贝板读取器中读取,并在337 nm处激发,并在620和665 nm处发射。CAMP或IP1的积累是根据HTRF比(665 nm/620 nm)计算的。
To detect constitutive activity of GCGR, HEK293 cells were seeded in 96-well plates and co-transfected with the luciferase reporter genes including CRE, nuclear factor of activated T-cells response element (NFAT-RE), serum response factor response element (SRF-RE, a mutant form of SRE) and serum response element (SRE) were utilized for testing Gs, Gq, G12 and potentialGI信号分别为63和其他潜在信号传导(MYC ,P53,ISRE,NF-κB ,AP-1和GLI)64 。转染后二十四小时,将细胞与来自不同物种的各种配体进一步孵育,无血清培养基稀释12小时。使用Envision Multilabel Plate读取器(Perkinelmer)使用荧光素酶测定试剂盒(Yeasen)确定荧光素酶活性。所有实验至少三次进行三次 。与对照相比 ,计算了折叠。
对于启动子活性测定,将LMH细胞(鸡肝细胞癌上皮)培养至24孔板中的70-80%,并与500 ng的报告基因构建体和10 ng的肾上腺荧光素酶报告量pgl4.73(prome prome)AS Creseflent Contract an a Cresement Contract(unpogen)共转染。
转染36小时后,用4%多聚甲醛(PFA)固定HEK293细胞 ,并用1%FBS(阻止缓冲液)阻塞 。将细胞与原代抗体(HRP抗FLAG,1:1,000; Sigma)一起孵育30分钟。用封闭缓冲液和磷酸盐缓冲盐水两次洗涤后,通过用超信号底物(新细胞和分子生物技术)和设想多标签读取器(PerkinElmer)对HRP信号进行化学发光来定量HRP信号。
根据制造商的说明 ,使用Trizon试剂(CWBIO)分离总RNA 。使用Hisscript III RT Supermix将RNA转换为RT-PCR(Vazyme)的cDNA。使用CHAMQ通用SYBR RT -QPCR主(Vazyme)制备定量PCR反应。所有反应均以一式三份进行 。RT – QPCR扩增步骤:95°C 1分钟;45个95°C 5 s和60°C 30 s的循环。将RNA丰度标准化为内源参考基因(β-肌动蛋白),并计算为三角阈值周期(ΔCT)。将RT – QPCR靶标标准化为β-肌动蛋白基因的表达。补充表14中提供了RT – QPCR的引物序列 。
使用制造商指示的使用核分离试剂盒(SHBIO 52009-10)分离核。使用前,将RNase抑制剂(Sigma 3335399001)添加到试剂中。切割样品并将其转移到含有裂解物的5 mL管中 ,在冰上混合并裂解3分钟,然后通过40 µm的细胞过滤器过滤(Sigma Bah136800040) 。使用AO/PI试剂使用荧光细胞分析仪(Countstar Rigel S2)估算细胞核计数和活力。将细胞核用0.4%锥虫蓝色染色,并将其放在显微镜下(40倍)。当核包膜完好无损并且杂质很少时 ,进行了随后的实验 。
使用SeekOne Digital Droplet Single 3'库制备试剂盒(Seekgene,K00202)制备SNRNA-Seq库。简而言之,将适当数量的细胞核与逆转录试剂混合 ,然后在Seekone DD芯片S3中添加到样品中。随后,将条形码的水凝胶珠(BHB)分开地分配到芯片S3中的相应井中 。乳液液滴产生后42°C进行90分钟,并在80°C下灭活15分钟。接下来,将cDNA从断裂中纯化 ,并在RT -qPCR反应中扩增。然后将放大的cDNA产物清洗,碎片,末端修复 ,A尾,并连接到测序适配器 。最后,进行索引的PCR以扩增代表RNA的3'PolyA部分的DNA ,该DNA还包含细胞条形码和独特的分子指数(UMI)。用Spri珠清洁索引测序库,通过定量PCR(KAPA Biosystems KK4824)量化,然后在PE150读取长度的Illumina Novaseq 6000上进行测序。
FASTP用于修剪底漆序列和原始读数的低质量基础 ,并收集收集的基本统计量。特定参数可以汇总如下:(1)一个1 bp滑动窗口从尾巴(3')移动到前部 。如果它们的平均质量低于3,则将窗户中的基座掉落,并且窗户一直在移动直到最后一个基座。尾随的n底座也被修剪 ,类似于三片尾随方法。(2)检测到PE数据的自动适配器;(3)丢弃了修剪的读数短于60 bp 。修剪后的清洁读数在以下步骤中使用。
我们使用Seeksoul工具管道来处理清洁的读取并生成转录本表达式矩阵。首先,根据有关条形码,连接器和UMI在读取中的定义模式提取细胞条形码和UMI序列 。条形码用白名单纠正。校正后的条形码与UMI一起放在其相应读取的标题中。其次,使用Star 2.5.1b将读数映射到参考基因组 。然后 ,使用包装子读物1.6.4的特征将带有条形码和UMI信息的读取分配给转录组。最后,类似于Cell Ranger的RAW_FEATURE_BC_MATRIX结果,生成了根据条形码和转录本的RAW UMI计数矩阵。使用一种单元格算法来过滤原始的UMI计数矩阵 ,并获得仅获得Cell filted_feature_bc_matrix 。该算法与细胞游舱和空滴管的算法相似,该算法具有两个关键步骤:(1)它根据每个条形码的总UMI计数使用了截止,以识别细胞。此步骤确定了高RNA含量细胞的主要模式。(2)然后 ,该算法使用每个剩余条形码的RNA曲线来确定它是“空”或含细胞的分区。此步骤捕获了总UMI计数的低RNA含量单元,可能与空井相似 。
使用Seurat进行了整合,聚类 ,可视化和差异表达分析。为了将细胞谱与其他物种进行比较,收集了来自M. undulatus,X。Laevis ,M 。Musculus和H. Sapiens的肝脏的表达数据矩阵,并使用相同的标准收集并重新分析。我们首先通过Orthofinder(版本2.5.4)生成了M. udulatus,X。Laevis,M 。Musculus和H. Sapiens的同源基因。我们考虑了所有物种的一对一矫正。为了比较和分析提到的所有物种的肝细胞谱 ,我们使用规范相关分析将它们的数据集成为锚数据集,dims = 1:40进行批次校正 。基于共享结构,所有批次数据最终被汇总为一个对象进行下游分析。
对于聚类 ,使用了2,000个可变基因,并在运行主成分分析之前从可变基因集中删除线粒体基因,并使用20个主成分计算簇 ,分辨率为0.6。非线性尺寸还原技术用于可视化和探索这些数据集 。我们使用Wilcoxon秩和测试来找到差异表达。我们通过以下标准确定了DEG:(1)P值≤0.05;(2)log2(折叠变化)≥0.2;(3)在特定簇中检测到基因的细胞百分比> 10%。
对于SAMAP分析65,我们首先在所有物种(D. Rerio,X。Laevis ,M 。Udulatus,M。Musculus和H. Sapiens)的所有物种中构建了BLAST图。为了使用SAMAP整合所有物种数据,我们首先将Seurat对象与肝脏肝脏和已发表的数据转换为(D. Rerio45 ,X 。Laevis46,M。Udulatus,M。Musculus47和H. sapiens48),使用R套件lom lom lom 。然后将AnnData对象加载到SAMAP中 ,并使用用户指定的群集(所有物种的“ Cell_type”)来确定邻域大小(neigh_from_keys = {'dr':true,xl':xl':true,ps':true ,'ps':true,true,'mu’:true ,true,true,'mm':true hs hs':true hs':true':true':true':true'':true'':true''})。为了绘制UMAPS ,通过使用Samaps“ Transfer_annotation ”功能将来自其他物种的所有细胞type转移到人类数据中,所有结果均通过Scanpy(v1.9.1)可视化。
基因通常相互相互作用,以在某些生物学功能中起作用 。基于途径的分析有助于进一步了解生物基因功能。基因和基因组(KEGG)(https://www.kegg.jp/)河道途径富集分析的京都百科全书鉴定出与整个基因组背景相比 ,在DEG中鉴定出明显富集的代谢途径或信号转导途径。将P值≤0.05作为阈值,满足该标准的途径被定义为在DEG中显着丰富途径 。
Hanbio Biotechnology生产并提供了来自感兴趣物种的GCGR基因的ADV构建体。
上海基因希姆(Genechem)构建了具有V5 TAG(PAAV-CAG-GCGR-V5 TAG-TWPA)过表达GCGR基因的重组AAV血清型2/8载体。
对于GCGR基因敲低,M. undulatus,G。Gallus ,L 。Striata和P. vitticeps的肝细胞中,使用了携带shRNA的AAV血清型2/9载体(Paav-u6-shRNA(GCGR)-CMV-EGFP-wpre)。使用AAV-CRAMBLE SHRNA-GFP用作对照(GeneChem)。SHGCGR序列在补充表14中提供 。
对于直接的ADV和AAV介导的基因转移到肝脏中,如前所述 ,对成年雄性C57BL/6 J小鼠进行了注射。将ADV注入小鼠的尾静脉(每只小鼠1×1010病毒基因组(VG))。AAV2/8根据给药途径显示特定的组织向量主义 。静脉注射小鼠的尾静脉(低剂量:1×1010,中剂量:1×1011和高剂量5×1011 Vg)每只小鼠)主要导致肝脏转导。
对于鸡肉胚胎内源性GCGR基因干扰实验,选择了在铺设后15天后接受施肥的鸡蛋。在无菌条件下 ,在破裂壳并进一步孵育后,将胚胎静脉注射AAV-SHGGCR(每人2×1011 VG) 。
对于G. Gallus和L. striata干扰实验,我们在机翼下分别注射了AAV-SH(GGCR)(每人2×1011 Vg)。
对于Budgerigar内源性GCGR基因干扰实验 ,我们将AAV 2/9-CAG-SHGGCR(每个个体2×1011 VG)注射到无菌条件下局部机翼脱毛后的Budgerigar腋静脉中。
将实验动物注入携带SCGCGR或HSGCGR的AAV8载体(2×1010 VG颗粒) 。
一般的血糖测量是在随意饲养的各种物种中进行的。对于葡萄糖耐量测试(GTT)和胰岛素耐受性测试(ITT),在转导AAV后7天,将小鼠禁食过夜并进行GTT。在实验之前 ,将ITT小鼠禁食4小时。在腹膜内注射葡萄糖1.2 g kg -1或胰岛素0.75 U kg -1体重 。使用自动血糖计(Roche)在时间点0、15 、30、60、90和120分钟上确定尾静脉血糖。
根据制造商的说明,使用糖原含量测定试剂盒(Solarbio)对肝脏和AML12中的糖原量进行了定量。通过以3,000 rpm离心获得小鼠血清,并用于根据制造商的说明和ELISA(R&D Systems)确定血糖含量 。胰高血糖素值在Pg ML -1中表示。血浆胰岛素浓度通过ELISA测量。根据制造商的说明使用了胰岛素ELISA套件(Mercodia) 。胰岛素值以μgl -1表示。根据制造商的说明,使用糖原磷酸化酶A(GPA)测定试剂盒(Solarbio)测量AML12中的GPA酶激活。
禁食过夜约12小时后 ,从小鼠恢复的轨道血液中收集了500–800 UL血液 。将样品在4°C放置1-2小时,然后在4°C下以3,000 rpm离心30分钟。全自动生化分析仪(AU680,Beckman Coulter)与匹配的试剂套件一起使用。根据制造商的说明 ,测量了总胆汁酸(TBA),甘油三酸酯和NEFA的血清水平 。
甘油三酸酯测定套件购自北京首席生物化学。游离脂肪酸(NEFA)测定套件购自广州KOFA生物技术。
为了进行蛋白质印迹分析,通过补充蛋白酶抑制剂(SparkJade)的SD(Beyotime)裂解肝蛋白。使用BCA蛋白质试剂盒(Sigma -Aldrich)测量蛋白质浓度 。将相等量的蛋白质或样品分馏在10%SDS-PAGE凝胶上 ,然后转移到PVDF膜(Bio-Rad)中。使用高灵敏度ECL试剂盒(新细胞和分子生物技术)可视化印迹。在实验中,使用了初级抗体GCGR(1:1,000,基因通用) ,β-肌动蛋白(1:1,000,Abways),HRP抗DDDK TAG(1:1,000 ,英国Abcam,英国) 。继发性抗体(抗兔辣根过氧化物酶(HRP),1:1,000; Abways)。
从每个来源获取两个组织标本:一个固定在4%甲醛/磷酸盐缓冲盐水中超过12小时,用于血久毒素和曙红染色;另一个样品被冷冻以进行免疫荧光染色。将冷冻切片放入37°C的烤箱中10–20分钟以去除水分并在固定剂中处理30分钟 。将PBS中的切片(pH 7.4)放在脱色振荡器上3次 ,每次持续5分钟。稍微干燥切片后,将组织用组织化学笔圆圈,然后与HCS Lipidtox深红中性脂质染色(H34477 ,Thermo)一起孵育。脱蜡后,通过在95°C的柠檬酸缓冲液(pH 6.0)中加热40分钟,冷却至室温 ,并在5%正常山羊血清中密封,从而进行热诱导的组织脱水切片的抗原检索 。The sections were then incubated with the primary antibody, or anti-v5 (1:200, CST), or anti-insulin (1:200, Abcam), or anti-glucagon (1:200, CST) at 4 °C overnight, then washed with PBS and incubated with second antibody (Alexa Fluor 488 conjugated Anti-rabbit IgG, 1:200, CST) at room temperature for60分钟。用磷酸盐缓冲盐水洗涤后,将切片用含有DAPI(10μgml-1 ,载体实验室)的载体安装培养基安装。Olympus VS200和Ixpolre Spinsr用于截面观看和成像(显而易见的是Olympus Life Science Division) 。
如前所述的69,70,71,用高速西门子Ultramat/oxymat 6 O2/CO2分析仪(TSE)分析了间接开路量热计(TSE系统)和空气样品。M. Musculus,M。undulatus(每个笼子)适应代谢室24小时 ,并在48小时内每27分钟收集一次数据。G. Gallus,L 。Striata和E. Macularius使用FOX盒呼吸测定系统,如前所述72。在22°C下控制大肠杆菌测量过程中的温度。通过TSE软件计算VO2(ML H -1)和VCO2(ML H -1),使用参考笼作为(调整后的)氧和二氧化碳流入的测量 ,并用于计算RER(RER = VCO2/VO2)和EE(EE =(EE =)(EE =(3.941×vo2 vo2+10006+10006×VoCo2)/1,0006×kcaL 。在光周期和黑暗周期中采集样品,并通过瘦身体重调节。
动物代谢率是在间歇性的游泳隧道呼吸仪中测量的,其游泳室的尺寸为14×14×55 cm(32.4升水量 ,型号32,loligo Systems)。游泳隧道被浸入水浴中,在每次闭合呼吸仪运行后用作水库 ,用于冲洗呼吸计(冲洗泵:Eheim,38 L min -1) 。
使用Microx TX3单通道氧计(Presens-Precision Sensing)测量呼吸仪中的氧饱和度,该氧气(Presens-Precision Sensing)配备了针型纤维光光学微传感器(nth ,Presens-Presens Presens Seensing),悬浮在RESSIRIRMONER内的水电流中。
在已知体积的密封室(闭合呼吸计)中进行测量。最初测量水的氧含量(T0),然后闭合呼吸仪 ,并在实验结束时(T1)再次测量氧气含量 。知道动物(BW)的体重,呼吸仪体积(V)以及时间T0和T1的水的氧含量([O2]),可以按以下方式计算质量特异性的氧气消耗率:
其中vo2是氧气和t的体积是测量时间。
为了累积食物摄入,每个笼子中容纳五只小鼠 ,累积的水分摄入量和体重,ADV或AAV注入AAV的小鼠,并且每天两天在一天中的同一时间记录消耗的饮食量。
为了计算各种动物的GCGR表达水平 ,从序列读取存档(SRA)下载了RNA测序数据集 。这些数据是由C. hircus,Phascolarctos Cinereus,G。Gallus ,Anas Platyrhynchos,S。canaria,Canaria ,canaria,binotrichia binotrichia ocalopophage,Microcaecilia Permatophage ,Lepisosteuseuseuseus oculatus,D。rerio和Ictalurus punctatus产生的 。
fastQC(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)用于与上述数据进行质量控制检查,根据上述结果,可使用Trimmomatic73修剪低质量读取。将HISAT250与默认命令选项一起应用 ,以使修剪的读取与参考基因组相结合。最后,使用temaurecounts74来计算与每个基因对齐的读数 。在我们的研究中,使用R计算了每百万读数(TPM)的转录本 ,以量化基因表达水平。
鸡种是中国黄羽毛的肉鸡,由广东温斯·纳夫(Nanfang)家禽育种提供。从农场随机选择了大约40天的三百个肉鸡(男性:女性比率约1:1)作为基本人口F0 。该饮食是一种典型的玉米 - 大豆饲料,含有18%粗蛋白 ,5.5%粗纤维和1,000 U kg -1植物酶。光周期为15 h的光:9小时的鸡,小于40天或在铺设期间的鸡,光线10小时:14小时的铺设期之外的14小时。使用Accu-Chek活性血糖计(Roche)在鸡中测试血糖 ,通过从翅膀的下侧收集静脉血液 。F1的LG(低葡萄糖)和Hg(高葡萄糖)线由90名男性和39名女性,平均血糖最低,2名男性和8位女性 ,在60和90岁的F0生成中,F0的平均血糖最高。每个男性与4-5名女性交配。根据G291C位点是否突变,将F1的LG线分为两组,以建立F2线 。
对至少三个单独的数据集进行了统计分析 ,并使用GraphPad Prism软件(V.10.2.0)进行了分析。数据是平均±S.E.M.从至少三个独立的实验中进行三份进行。统计显着性被定义为:单向方差分析用于三组之间的比较,双向重复测量方差分析用于重复测量数据,并且使用学生的t检验进行比较两组之间的比较。对于剂量反应实验 ,使用非线性曲线拟合进行对数(激动剂)与响应(三个参数)曲线进行标准化和分析数据 。ANCOVA是在R(版本4.4.0)中进行的。R软件包主要包括MultComp(版本1.4-26)。N(生物学或实验重复的数量)的确切值可以在图传说和补充表15中找到 。
所有动物护理和实验程序都符合中国卫生部的动物管理法规(第55号文件,2001年),并获得了江苏省科学技术部(IACUC-20231210)的批准。
有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然投资组合报告摘要中获得。
赞 (10)
评论列表(3条)
我是永利号的签约作者“admin”
本文概览: GCGR基因通过通用生物学系统合成,并插入pcDNA3.1-N-FLAG-HIS载体。补充表2中显示了不同物种的GCGR序列。使用Quikchange诱变协议(Agilen...
文章不错《组成性活跃的胰高血糖素受体驱动鸟类的高血糖》内容很有帮助